Αποτελούσε Μετόχι της Ιεράς Μονής του Αγίου Αθανασίου. Η τοποθεσία που είναι κτισμένος ο Ναός του Αγίου Ιωάννη είναι από τις πιο ιστορικές του Δελβινακίου, ενώ ο λόφος και ο Ναός είναι στενά συνδεδεμένοι με την ιστορία της ηρωικής αυτής κωμόπολης.
Ο Αλή Πασάς διάλεξε τη θέση του λόφου για να φτιάξει φρούριο,πρώτον σαν την μοναδική οδό,που θα συνέδεε τα Ιωάννινα με Αργυρόκαστρο,Τεπελένι,Αυλώνα και Κέρκυρα, μέσω Δέλβινου, και δεύτερον το φρούριο στη θέση αυτή θα το χρησιμοποιούσε ως αποπνικτικό κλοιό κατά των ατίθασων Δελβινακιωτών, έχοντας πάντα στα σχέδιά του την κατάληψη του Δελβινακίου.Η κατεδάφιση του Ναού και η ανέγερση φρουρίου ματαιώθηκε την τελευταία στιγμή.
Τρεις εκδοχές αναφέρει ο Πατσέλης:
α) Διότι είδε όνειρο η κυρά Βασιλική,που τον απέτρεπε
β )Είδε όνειρο ο Αλή πασάς στη Ζίτσα, όπου κοιμήθηκε ένα βράδυ,πηγαίνοντας στο Δελβινάκι από τα Γιάννενα. Σύμφωνα με τον Γαζή στο «Τρόπαιον», ο Αλή Πασάς είδε στον ύπνο του ότι ήταν μέσα στο Ναό του Προδρόμου και του παρουσιάστηκε μπροστά του ο Άγιος κρατώντας στο χέρι του σπαθί και να τον απειλεί πως, αν τολμήσει να γκρεμίσει τον ναό θα τον σκοτώσει….
Σύμφωνα με την 3η εκδοχή, πηγαίνοντας έφιππος στο Δελβινάκι, για την κατεδάφιση του Ναού, το άλογο του τον ρίχνει στη λίμνη. Σώζεται από τον σωματοφύλακα,που είχε μαζί του,όμως ο θρησκόληπτος και προληπτικός τύραννος θεωρεί το γεγονός κακό οιωνό και σταματά την πορεία του για Δελβινάκι.
Ο Ναός κτίσθηκε επί των ημερών του Επισκόπου Δοσίθεου το 1790. Τότε χτίστηκε μόνο ο κυρίως Ναός, διότι το χαγιάτι (πρόναος) κτίστηκε το 1835.
Έχει γυναικωνίτη,κυρίως Ναό και ωραίο χαγιάτι κατά μήκος της βορειοδυτικής πλευράς του.Επίσης μία πόρτα που οδηγεί στον πρόναο και μία για τον γυναικωνίτη.
Στη μέση του λόφου βρέθηκε αρχαία ομβροδόκος,η οποία ήταν καλυμμένη με χώμα και διατηρεί κοίλο σχήμα,όμως μαρτυρεί την ύπαρξη αρχαίας πόλης στο Δελβινάκι.
Ο Ναός λειτουργεί 2 φορές το χρόνο,μια την εβδομάδα της Διακαινησίμου, μετά το Πάσχα, και μία στις 29 Αυγούστου.
